保育及永續利用陸域生態系，以確保生物多樣性，並防止土地劣化
精進生物多樣性維護管理及監測
農業部於台北植物園、福山研究中心、蓮華池研究中心及六龜研究中心等不同環境區域進行長期生態監測，113年調查成果累積逾12萬筆聲音及影像資料，除了增進生物多樣性調查與監測之基礎資料外，更為生態研究提供新的視角，以長期監測環境的生物物候動態，評估生態系統的脆弱性，有助制定妥適的管理策略，促進生物多樣性的維護管理與監測。
內政部持續精進生物多樣性維護管理及監測，如「玉山國家公園－臺灣黑熊生態保育及監測管理」、「陽明山國家公園－氣候變遷對陽明山國家公園植群分布變化影響及因應策略」、「太魯閣國家公園－合歡山區外來植物現況及對原生植物花粉干擾研究」、「雪霸國家公園－武陵地區溪流生態系評估」、「金門國家公園－金門小型候鳥繫放之研究」、「台江國家公園－七股鹽田濕地生態系服務評析及應用研究」、「壽山國家自然公園－臺灣獼猴族群監測及疾病與健康研究調查」等。
信義熊蜂於阿里山薊內來回爬行，吸食花蜜並同時沾染花粉
完成臺灣陸域哺乳類、兩棲類、陸域爬行類、淡水魚類、鳥類受脅程度評估（紅皮書）
臺灣第2次依據國際自然保育聯盟（IUCN）標準對86種原生陸域哺乳類、43種原生兩棲類、104種原生陸域爬行類、401種原生淡水魚類、686種原生鳥類進行評估。
陸域哺乳類計79種進入評估流程，結果包含區域滅絕1種、極危級2種、瀕危級3種、易危級6種、近危級9種、無危級57種、資料缺乏1種。相較於2017年的評估結果，共有1種受脅程度提升，3種受脅程度降級。國家受脅及接近受脅哺乳類動物種數分別占評估種數的13.9％及11.4％。
兩棲類計37種進入評估流程，結果包含極危級2種、瀕危級6種、易危級3種、近危級6種、無危級20種。相較於2017年的評估結果，共有2種受脅程度提升，1種受脅程度降級。國家受脅種數占評估種數的29.7％。
陸域爬行類計90種進入評估流程，結果包含極危級4種、瀕危級3種、易危級1種、近危級9種、無危級67種、資料缺乏6種，國家受脅及接近受脅種數分別占評估種數的8.9％及9％。
淡水魚類計128種進入評估流程，結果包含滅絕1種、區域滅絕3種、極危級2種、瀕危級19種、易危級11種、近危級19種、無危級54種、資料缺乏19種，國家受脅及接近受脅種數分別占評估種數的25％及14.8％。
鳥類計318種進入評估流程，結果包含極危級6種或亞種、瀕危級12種或亞種、易危級29種或亞種、近危級41種或亞種、無危級229種或亞種、資料缺乏1種，國家受脅及接近受脅種數分別占評估種數的14.7％及12.8％。
2024臺灣鳥類紅皮書名錄
持續蒐集受威脅植物種原，減輕瀕危植物面臨的滅絕風險
農業部自108年起推動「國家植物園方舟計畫」進行野外稀有植物的種原收集，栽植在各植物園及大專院校實驗林保種基地內，減輕瀕危植物面臨的滅絕風險。至113年已新增收集33種瀕危植物，總計680種特稀有植物被保存，保種率達68.76％。
已收存之瀕危植物在保種基地繁殖後，原棲地周邊學校、地方政府或團體再合作引回進行保育。113年度於臺東蘭嶼、桃園大園、苗栗通霄、新北貢寮、宜蘭員山、高雄美濃、臺東池上等地進行推廣種植，共累積50種以上之瀕危植物復育與再引回，減輕植物滅絕風險。
落實流域生態保育與監測
農業部為持續推動工程生態友善機制，落實生態環境永續發展目標，於雙流國家森林遊樂區辦理「雙流溪壩體改善工程」時，導入生態友善機制，藉由壩體補強工程延長結構物使用壽命，並透過降壩及新建魚道減輕魚類洄游阻隔，增加河川縱向生態連結，於設計階段進行改善方案的沖淤模擬，確認洄游魚類在旱季時須上溯利用之最低水位，增設動物通道、攀爬網等生態保育措施。完工後經監測發現，指標物種鱸鰻、臺灣石賓、恆春吻蝦虎等，都有記錄到魚類上溯及使用情形，驗證工程兼具治理及生態保育的效益。
經濟部與農業部合作辦理情勢調查及保育措施精進計畫，自111年度起以3年為週期，啟動全中央管流域水域生物250處固定樣站調查，改善河川情勢調查計畫之生態調查頻度及資料正確性等精進作為，以利掌握水域生態變化趨勢及生態重點水域；已於113年度完成第一輪次共250處固定樣站之生態調查，相當於完成第二輪中央管河川情勢調查作業目標。
「中央管流域整體改善與調適計畫」須辦理生態檢核工程計63件，依規定辦理之案件計63件，比例達100％，另已完成113年補助縣市政府辦理112年至113年度生態檢核工作。
控制外來種入侵，查緝野生動物非法作為
全國各地執行及補助地方政府，共移除小花蔓澤蘭1,057.169公頃、銀膠菊275.444公頃、銀合歡716.972公頃、刺軸含羞木17.3公頃、互花米草12.3公頃及收購小花蔓澤蘭412.942公噸，辦理外來入侵種辨識與防治教育訓練及宣導活動156場。
113年農業部林業及自然保育署各地區分署共移除埃及聖䴉成鳥41隻，各縣市政府共移除綠鬣蜥8萬2,595隻。另針對北海岸及苗栗縣紅火蟻發生點進行專案防治及連續監測，加強圍堵紅火蟻，完成100案件（702公頃）紅火蟻撲滅、未再發現，解除疫情管制。
依據《植物防疫檢疫法》、國際規範與標準及民眾申請資料，佐以科學文獻與證據，辦理自國外首次輸入植物種子（苗）有害生物風險評估。113年完成有害生物風險評估35件，其中4件具入侵植物風險暫緩同意輸入，符合預期目標30件。
113年財政部查獲違法輸入查獲共5,875隻活體動物；海洋委員會113年度查獲走私龜類156隻、亞洲錦蛙蛙類27隻、松鼠9隻、土撥鼠12隻、紅尾鯰27隻及保育類鸚鵡蛋1,047顆，總計1,278隻；農業部113年度受理申請進出口活體動物總數量44,304,239隻。加強查緝非法並提升合法申請動物進出口之作業效率，使被盜獵或非法販賣野生動物占合法利用野生動物比率為0.016％。
落實森林永續管理
農業部近年持續強化科技器材運用，透過監控山老鼠可能行經之山徑，以提升蒐證之精度及竊取森林主副產物案件定罪率。並強化各機關間溝通聯繫及合作，分享案件資訊、犯罪手法及查緝技巧，凝聚檢察機關、司法警察機關及相關行政機關之共識。
農業部透過推動社會力量參與巡守，結合山區在地部落、森林調查監測志工及大專院校登山社團，達到公眾參與共同防範盜伐守護森林資源的目標。並藉由振興山村部落經濟，降低高風險山區部落居民因經濟壓力，而遭引誘涉入竊取森林主、副產物之風險。
近年竊取森林主副產物案件數分別為 109年191件、110年123件、111年102件、112年111件，113年為57件，已明顯降低之趨勢，將持續精進防範盜伐措施，減少森林資源遭破壞，達到落實森林永續管理之目標。
