保育及永續利用海洋生態系，以確保生物多樣性，並防止海洋環境劣化
推動劃設海洋保護區，提高受保護海域面積
內政部113年度啟動海岸地區範圍調整前置作業，並完成海岸地區整體管理計畫第一次通盤檢討作業，適時檢討第一級及第二級海岸保護區之區位。
113年臺灣海洋保護區（加計濕地）總數為70處，共協助10個地方政府及7個民間團體強化26個海洋保護區及8個生態熱點之調查、巡守以及保育、復育措施。
海洋委員會113年持續與白海豚重要棲地之漁會合作推動「白海豚巡護艦隊合作計畫」，邀集漁會及漁民執行白海豚重要棲息環境巡護工作，自主性減低船舶航行速度，回報110筆白海豚目擊資料；另辦理5場生態解說教育訓練，培訓漁民及在地居民成為生態解說員，創造漁民多元發展。
海洋委員會於112年至113年擇定七美漁業資源保育區、頭城漁業資源保育區及都蘭潛在保護區3處深入輔導：
- 七美漁業資源保育區於112至113年執行4次工作坊會議，達成分區管理及提升管制強度之修訂共識，並經中央及地方主管機關審核，規劃潮下帶核心區（完全禁漁區）4.81公頃、潮上帶緩衝區（僅開放在地居民傳統採集利用）1.76公頃，保護區範圍擴大2.57公頃，於113年9月2日正式公告執行。
- 頭城漁業資源保育區已完成兩年生態調查，經與利害關係人深度訪談及辦理工作坊，確認頭城區漁會及社區發展協會願意投入保育任務，召募在地里民及海洋保育志工籌組巡守隊。民眾支持在大里漁港至桶盤崛間之沿岸區域劃設核心區，經宜蘭縣政府審議，於113年10月1日公告保育區管理計畫修正草案預告。
- 都蘭潛在保護區完成臺東都蘭海域都蘭水產動植物繁殖保育區預定範圍之亞潮帶生態調查與4次部落公民科學家調查，共計辦理超過10次之部落會議及教育宣導活動，與都蘭部落居民、臺東區漁會及臺東縣政府達成協議，完成「都蘭水產動植物繁殖保育區管理計畫」草案。
落實海洋環境監測及廢棄物消除
沿岸區域漂流塑膠監測調查：依據地方環保機關進行國際淨灘行動ICC調查，全國海岸垃圾廢棄物種類及數量由108年14,870件下降至113年6,153件，整體較108年減少約6成，其中塑膠製垃圾由108年8,088件下降至113年3,918件，減少約51.6％，海岸清潔維護已見成效。
海漂（底）廢棄物清除：海委會至113年底累計召募環保艦隊6,233艘，潛海戰將5,845人，成立淨海前哨站38家。113年總清除海洋廢棄物量為3,627.34公噸，包含補助地方政府清除海洋廢棄物252.44公噸（海漂237.62公噸、海底14.82公噸），主動委託專業海事公司清除海底垃圾75.49公噸，第二類漁港暫置區2,958.87公噸，回收再利用315公噸，淨海前哨站清除2.94公噸，海廢清除網絡（MDCN）22.6公噸。
潛海戰將清除海底纏繞覆網
全國海域環境水質監測：海洋委員會發布修正「海域環境分類及海洋環境品質標準」及「海域環境監測及監測站設置辦法」。我國沿海海域水質測點中，為評估優養化指數，113年監測營養鹽-氨氮水體標準，達成率為98.4％；為評估海洋污染情況，113年監測溶氧量、重金屬鎘、鉛、汞、銅、鋅、氨氮7項比較水體標準，達成率為99.9％；為評估海洋酸化影響，113年監測pH水體標準達成率為99.5％。pH值為7.8至8.4，水體標準達成率為100％。
113年度海域水質採樣
完備《海洋污染防治法》及《海洋保育法》
海洋委員會於110年12月29日函請行政院審查《海洋保育法》草案，經行政院113年2月15日院會通過，函請立法院審議，並經立法院113年7月12日三讀通過，業經總統於113年7月31日制定公布。
《海洋污染防治法》修正案於112年5月31日修正公布，113年已全面檢討、修正及訂定36項相關子法，113年2月17日起開徵海洋污染防治費、113年7月12日行政院同意成立海洋污染防治基金，預計114年成立海洋污染防治基金管理會。
漁業資源永續利用
農業部於113年2月7日公告訂定「鬼頭刀漁獲管制措施」，自113年9月1日起實施，規範禁止捕撈及持有體長未滿50公分之鬼頭刀，以利尚未成熟的鬼頭刀在海中自然成長，維護資源永續利用。
農業部為運用生態系管理概念進行資源管理，於113年完成澎湖縣月鯉灣、帆船嶼、金瓜仔嶼及望安4處具潛力劃設為水產動植物繁殖保育區的海域之生態調查，發現金瓜嶼等處海域底質有眾多石珊瑚蓬勃生長，並孕育豐富的無脊椎和魚類資源，具潛力劃設為水產動植物繁殖保育區。相關資料提供澎湖縣政府研擬劃設海洋生物重要繁殖棲地之海域。
訂定「鬼頭刀漁獲管制措施」
