保育及永續利用海洋生態系，以確保生物多樣性，並防止海洋環境劣化
「海洋生態」目標，主要著眼於海洋污染防治、海洋與海岸永續管理、打擊IUU漁撈行為，以及落實聯合國海洋法公約，以保育及永續利用海洋生態系，確保生物多樣性並防止海洋環境劣化。
委託環保機關定期執行國際淨灘行動，持續監測海岸廢棄組成
環境部自107年起，制定ICC（International Coastal Cleanup）於全國19個臨海縣（市）試辦海岸廢棄物特性調查，依據調查結果顯示，年平均以「生活垃圾與遊憩行為」垃圾件數最多，約占79.4%，其次為「漁業與休閒釣魚」垃圾件數，約占14.3%，而整體國際淨灘行動ICC調查成果則由108年14,870個下降至112年4,323個。自108年起推動限塑政策後，生活遊憩類別的廢棄物相對有減少的趨勢（由86.1%降為81.4%），相關數據主要用以教育大眾瞭解廢棄物對於海洋污染的嚴重性。
海漂（底）廢棄物清除
至112年底累計召募環保艦隊5,969艘，相較於111年成長12.1%、潛海戰將4,284人，相較於111年成長17.8%，112年補助地方政府清除海洋廢棄物1,070公噸（海漂1,063.7公噸、海底10.3公噸），另委託專業海事公司清除海底垃圾50公噸。
清除廢棄網具，減少海洋廢棄物
為恢復沿近海域礁區之聚魚效益，增加水產生物棲息空間，提高沿近海漁業生產力及減少海洋廢棄物，維護海洋環境及資源永續，農業部漁業署自98年起持續輔導地方政府或區漁會辦理清除人工魚礁區或保護礁區之覆網工作，112年清除礁區廢棄網具26.1公噸。
全國海域環境水質監測
- 112年我國沿海海域水質測點中，為評估優養化指數，監測之營養鹽氨氮測值範圍為0.01至0.17mg/L，其水體標準達成率為100%。
- 為評估海洋污染情況，112年以監測項目溶氧量、重金屬鎘、鉛、汞、銅、鋅、氨氮7項比較水體標準達成率為100%。
- 為評估海洋酸化影響，112年其監測之pH測值範圍為7.8至8.4，水體標準達成率為100%。
完備《海洋污染防治法》及《海洋保育法》
- 海洋委員會海洋保育署於110年12月29日函請行政院審查《海洋保育法》草案，經行政院經行政院於112年召開第4次會議審竣，於113年2月15日行政院院會通過，函請立法院審議。
- 《海洋污染防治法》修正案於112年5月31日修正公布，並賡續全面檢討、修正及訂定相關子法草案，迄今已發布23項及廢止3項，1項送行政院核定，6項預告後辦理發布、公告或送法規會，2項預告中，1項辦理預告程序，預計於113年5月31日前全數完成，俾《海洋污染防治法》修正公布後順利施行。
海洋委員會與全國區漁會交流《海洋保育法》
保護至少10%的海岸，推動劃設海洋保護區，提高受保護海域面積
- 內政部於111年4月8日令修正公告「海岸地區範圍」，另第一階段海岸保護區亦於每5年辦理之「整體海岸管理計畫」通盤檢討作業進行檢討。
- 我國海洋保護區（加計濕地）總數為69處。112年海洋委員會海洋保育署協助9個地方政府及4個民間團體強化22個海洋保護區及8個生態熱點之調查、巡守以及保育、復育措施。
- 海洋委員會推動白海豚在地連結輔導計畫，以協助建立漁民對白海豚的保育共識，包含發放白海豚目擊獎勵金、結合漁民及民間團體執行臺灣白海豚陸地觀察工作、培訓漁民及在地居民成為解說員、創造漁民多元發展等。
- 海洋委員會112年於七美漁業資源保育區建立標準化生態（珊瑚）調查、培養在地民眾公民科學家及巡守能力、分區劃設構想及提升執法量能，推動共識並修改經營管理計畫；於頭城漁業資源保育區完成與利害關係人訪談及說明會，朝向分區劃設、招募巡守隊、建立珊瑚標準生態調查制度等共識。
頭城保護區進行水下穿越線調查
